海賊王を目指す少年モンキー?Dルフィは、ゾロ、ナミ、ウソップ、サンジ、チョッパー、そして、ニコ?ロビンを新たに仲間に加え、航海を続けていた。そんなある時、彼らのもとに空から巨大な船が落ちてきた。落下する船を避け、間一髪助かったルフィたち。驚く彼らの元に風にのってやってきた「スカイピア」と書かれた地図、それは天空の地「空島」への地図だった。しかし突如空が曇りはじめ巨人の影が現れる…。