故事发生在在人类与敌人“Unknown”持续战争的世界。数十年前“Unknown”侵略时被送往冷冻睡眠设施避难的孩子们，从沉睡中醒来之时，得知自己的身体中被发现了超自然的力量——世界。为了从出现在东京湾的“Unknown”手中保护国家，少年少女们在东京、神奈川、千叶的各防卫都市展开战斗。东京由相乐总、神奈川由橘公司、千叶由渡航担当，创造出“QUALIDEA”的世界。