公元2035年，人类被12只猴子军研制的一种病毒侵袭，大部分人类都在这场病毒灾难中死亡，只有少数人侥幸逃生，但也只能在阴暗的地下苟且偷生。科学家们决定派James Cole穿越时光回到1996年追查12只猴子军的来历，一场跨时空的冒险之旅已经开启。